На этот раз место действия — территориальные воды острова Хатидзё, Токио. Инженеры со всего мира собрались для полномасштабного запуска «Pacific Buoy», морского объекта, соединяющего камеры слежения полиции всего мира. Там тестировалась некая «новая технология», применявшая систему распознавания лиц. Тем временем Конану, который посещает Хатидзё с Юными Сыщиками по приглашению Соноко для наблюдения за китами, звонит Окия Субару и сообщает, что сотрудник Европола был убит в Германии Джином, членом Черной Организации. Обеспокоенный, Конан пробирается в полицейский корабль, на котором находятся Курода Хёэ и полицейские, которые направляются для охраны объекта. Идет подготовка к полной активации всей системы, но Черная Организация похищает женщину-инженера! В их руки попадает имевшаяся у нее флешка с особой информацией...
Гул винтов в океане. Темная тень подкрадывается к Хайбаре Ай...
Когда открывается «черный ящик», к которому нельзя прикасаться, запретное в нем прошлое всплывёт на поверхность!